Rezerwat położony w dolinie Białej Wody i jej dopływu Brysztańskiego Potoku około 2 km na wschód od centrum Jaworek.
Rezerwat Biała Woda w całości należy do geologicznej struktury pienińskiego pasa skałkowego. Struktura ta jest bardzo wydłużoną (ok. 600 km) i wąską (max 20 km szerokości) tektoniczną jednostką zlokalizowaną pomiędzy zewnętrznymi a wewnętrznymi Karpatami, ciągnącą się od okolic Wiednia (Austria) poprzez zachodnią Słowację, Polskę, wschodnią Słowację, Zakarpacką Ukrainę do Rumunii. W swojej mezozoicznej historii basen pienińskiego pasa skałkowego w rekonstrukcji wyróżniał się podłużnymi strefami facjalnymi, które odpowiadały podmorskim grzbietom lub rowom, od stref facjalnych najpłytszych (sukcesja czorsztyńska), poprzez facje przejściowe (sukcesja niedzicka i czertezicka), aż do najgłębszych (sukcesje braniska i pienińska). Skomplikowana ewolucja tego obszaru doprowadziła do powstania charakterystycznej morfologii.
Na całej długości pienińskiego pasa skałkowego węglanowo-krzemionkowe utwory jury środkowej, jury górnej i dolnej kredy stanowią najbardziej morfotwórczy element w krajobrazie, ponieważ zbudowane są głównie z twardych skał wapiennych (podrzędnie krzemionkowych – radiolaryty) otoczonych przez bardziej miękkie utwory skał kredy górnej i paleogenu. Dlatego jurajsko-dolnokredowe utwory w morfologii manifestują się jako izolowane skałki lub ich grupy sterczące jako ostańce pośród miękkich skał tworzących w morfologii połogie wzgórza lub depresje (jak rodzynki w cieście).
